1.业主自行决定采取邀请招标的做法不妥当。
理由：根据《中华人民共和国招标投标法》规定，省、自治区、直辖市人民政府确定的地方重点项目中不适宜公开招标的项目，要经过省、自治区、直辖市人民政府批准，方可进行邀请招标。
2.拒收C企业的投标文件。
理由：根据《中华人民共和国招标投标法》规定，在招标文件要求提交投标文件的截止时间后送达的投标文件，招标人应当拒收。
E企业投标文件应作废标处理。
理由：根据《中华人民共和国招标投标法》和《评标委员会和评标方法暂行规定》，投标文件若没有法定代表人签字和加盖公章，属于重大偏差。
（关键问题：没有法定代表人签字，项目经理也未获得委托人授权书，无权代表本企业投标签字，尽管有单位公章，仍属存在重大偏差。）
3.不妥之处一，10月21日下午才开标
理由：根据《中华人民共和国招标投标法》规定，开标应当在投标文件确定的提交投标文件的截止时间公开进行。本案例招标文件规定的投标截止时间是10月18日下午4时。
不妥之处二，当地招标投标监督管理办公室主持开标
理由：根据《中华人民共和国招标投标法》规定，开标应由招标人主持。
4.不妥之处一，当地招标投标监督管理办公室1人，公证处1人进入评标委员会。
理由：根据《中华人民共和国招标投标法》和《评标委员会和评标方法暂行规定》，评标委员会由招标人或其委托的招标代理机构熟悉相关业务的代表，以及有关技术、经济等方面的专家组成。公证处人员参加评标委员会，影响公正工作的开展。
不妥之处二，评标委员会技术经济专家比例为4/7，偏少。
理由：《中华人民共和国招标投标法》规定，评标委员会技术、经济等方面的专家不得少于成员总数的2/3。
5.确定A企业中标是违规的。
理由：根据《中华人民共和国招标投标法》规定，能够最大限度地满足招标文件中规定的各项综合评价标准的中标人的投标应当中标，因此中标人应当是综合评分最高或经评审的投标价最低的投标人。本案例中B企业综合评分是第一名应当中标，以B企业投标报价高于A企业为由不让其中标违背规定。
6.合同签订时间违规。
理由：根据《中华人民共和国招标投标法》规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。本案例11月10日发出中标通知书，迟至12月12日才签订书面合同，两者的时间间隔已超过30日。