1.我国常采用的招标方式有两种：公开招标、邀请招标。本次招标采用邀请招标的方式是合理的，理由是：本工程采用私有资金建设，不属于必须公开招标的项目，可以采用邀请招标方式，且招标人提前经过考察摸底，向具有类似工程业绩的同行业6家（大于3个）合格单位发出了参与投标的邀请，这是与公开招标最大的区别，也是《中华人民共和国招标投标法》明确规定的一种招标方式。
2.根据《中华人民共和国招标投标法》规定，投标人在提交投标文件截止时间前，可以补充、修改或者撤回已提交的投标文件，并书面通知招标人。A公司的投标行为不是违规，而是一种投标策略。
理由是：A公司是在投标截止时间前递交的补充文件，符合相关法规要求。
3.本次招标投标活动中，有3家单位的投标文件应当被否决。
E和F公司串通投标，是作弊行为，《中华人民共和国招标投标法》明确规定有作弊行为者应当否决其投标文件。B公司的投标也应当被否决，理由是未响应招标文件实质性要求，按《中华人民共和国招标投标法》规定，也属于应被否决投标的情形之一。
4.主机设备安装实际位置与工艺布置图纸位置出现偏差的原因是：机电安装的基准线和基准点应依据测量控制网或相关建筑物轴线、边缘线、标高线来划定，而不应以土建提供的纵横中心线为依据。
5.输送有毒有害介质的管道，在压力试验合格后必须进行泄漏性试验，试验介质一般宜采用空气，试验压力为设计压力。