施工企业与本企业项目经理签订内部承包合同，是施工企业内部调动员工积极性，提高管理水平的一种合法方式。总包人、分包人均可将全部工程的劳务作业分包给具有相应劳务分包资质的施工企业。将工程主体交由他人完成，属于违法分包情形。故A、B、C选项均非正确选项。“在施工现场所设项目管理机构的人员不是本企业人员”，虽不能完全确定是该施工企业允许他人以本企业的名义承揽了工程，但从证据法的角度看，表面证据已经成立，若无足够相反证据推翻，则可以视同为该施工企业允许他人以本企业的名义承揽了工程。故D选项为正确选项。