精神分析并没有走一条实证科学的道路，这一方面由于弗洛伊德作为一名医生更加重视进行精神分析的医疗实践，在实践中总结和检验精神分析理论。以现在的方法论观点来看，弗洛伊德在其理论探索阶段主要采用的是观察法和个案法，而这两种方法已被证明是心理学研究的有效方法。近年来，对精神分析的实证研究在西方兴起，有些观点或理论的某些方面如梦、催眠等已有一些实证研究的支持，随着研究技术和方法的进步，精神分析理论缺乏实验证据的缺点也有望得到解决。