施工项目部编制责任矩阵的程序是：（1）列出需要完成的项目管理任务；（2）列出参与项目管理及负责执行项目任务的个人或职能部门名称；（3）以项目管理任务为行，以执行任务的个人或部门为列，画出纵横交叉的责任矩阵图；（4）在责任矩阵图的行与列交叉窗口中，用不同字母或符号表示项目管理任务与执行者的责任关系，从而建立“人”与“事”的关联；（5）检查各职能部门或人员的项目管理任务分配是否均衡适当。有过度分配或者分配不当的，则需要进行调整和优化。选项A正确。