1.存在以下三个不正确方面：
（1）招标人提出招标公告只在本市日报上发布是不正确的。
理由：公开招标项目的招标公告。应当在“中国招标投标公共服务平台”或项目所在地省级电子招标投标公共服务平台发布。
（2）招标人要求采用邀请招标是不正确的。
理由：因该工程项目由政府投资建设，相关法规规定：“全部使用国有资金投资或者国有资金投资占控股或者主导地位的项目，应当采用公开招标方式招标。如果采用邀请招标方式招标，应由有关部门批准。”
（3）对潜在投标人资格条件进行审查时，主要审查潜在投标人资质条件是不正确的（或不全面的）。
理由：资格条件审查的内容还应包括：财务状况、投标人业绩、投标人信誉等。
2.投标文件有效性方面：
（1）投标人A的投标文件有效。
（2）投标人B的投标文件（或原投标文件）有效，但补充说明无效。
理由：开标后，投标人不得主动提出澄清、说明或补正。
（3）投标人C的投标文件有效。
（4）投标人D的投标文件无效。
理由：因为组成联合体投标的，投标文件应附联合体各方共同投标协议。
3.投标人E撤回投标文件，招标人可以没收其投标保证金。
4.合同方面问题：
（1）招标人的要求不合理。
理由：根据《水利工程建设项目招标投标管理规定》和《工程建设项目施工招标投标办法》有关规定，招标人不得向中标人提出压低报价、增加工作量、缩短工期或其他违背中标人意愿的要求，不得以此作为签订合同的条件。
（2）该项目应自中标通知书发出后30日内按招标文件和投标人A的投标文件签订书面合同，双方不得再签订背离合同实质性内容的其他协议。
（3）签约合同价应为8000万元。