选项A、B错误，招标人应自收到异议之日起3日内作出答复。做出答复前，应暂停招标投标活动。
选项C错误，审查委员会应按照资格预审文件载明的审查标准和方法，对所有已受理的资格预审申请文件进行审查。
选项D正确，在资格审查过程中，资格审查委员会可以书面形式要求申请人对所提交的资格预审申请文件中不明确的内容进行必要的澄清或说明。招标人和审查委员会不接受申请人主动提出的澄清或说明。
选项E正确，申请人的澄清或说明应采用书面形式，并不得改变资格预审申请文件的实质性内容。申请人的澄清和说明内容属于资格预审申请文件的组成部分。