不妥之处一：项目部在整理归档文件时，使用了部分复印件。
正确做法：归档的工程文件应为原件，内容必须真实、准确，与工程实际相符合。
不妥之处二：并对重要的变更部位用红色墨水修改。
正确做法：工程文件应采用碳素墨水、蓝黑墨水等耐久性强的书写材料，不得使用红色墨水、纯蓝墨水、圆珠笔、复写纸、铅笔等易褪色的书写材料。
不妥之处三：同时对纸质档案中没有记录的内容在提交的电子文件中给予补充。
正确做法：归档的建设工程电子文件的内容必须与其纸质档案一致，且应采用开放式文件格式或通用格式进行存储，并采用电子签名等手段。