奥美拉唑具有弱碱性和弱酸性，在水溶液中不稳定，对强酸也不稳定，应低温避光保存。其本身是无活性的前药，口服后迅速吸收，由于其为弱碱性，所以能选择性分布于胃壁细胞的胞膜和微管囊泡上的低pH的酸性环境中，经H+催化重排为活性物质，与H+，K+-ATP酶结合，使酶失活，抑制胃酸分泌的最后环节，属于质子泵抑制剂。