感染根管内的优势菌常从有症状的病例中检出，其感染与根尖周病的临床症状和体征关系密切。卟啉菌和普氏菌、消化链球菌、真杆菌等与根尖部出现疼痛、肿胀、叩痛和窦道形成有关，其中产黑色素普氏菌、牙髓卟啉菌和牙龈卟啉菌与急性根尖周炎症和根管内恶臭关系最密切，放线菌与顽固性根尖周病变和窦道经久不愈可能有关。