从微生物生态学角度看，微生物学检验中常用标记有三类：①放射性同位素标记；②抗生素的抗性标记，例如基因工程菌里面常用的抗氨苄青霉素标记、抗链霉素标记、抗卡那霉素标记等；③荧光蛋白基因标记，例如常见的GFP（绿色荧光蛋白）标记、RFP（红色荧光蛋白）标记、LUX标记等；④酶联免疫标记。