合理情绪疗法的局限性包括：①有严重的情绪和行为障碍的求助者，使用此方法虽有可能被治愈，但绝不会达到不再有不合理信念的程度。②合理情绪疗法是一种认知取向的方法，对在治疗中拒绝做出改变自己信念的努力的人，或过分偏执者以及有领悟困难的人，可能难以奏效。③合理情绪疗法对于患有自闭症、急性精神分裂症等病症的人所能提供的帮助也是有限的。④合理情绪疗法治疗与咨询师本身有关，因为他们也可能存有这样或那样的不合理信念，这有时候会阻碍治疗取得成功。