通用引物PCR方法利用合成的通用引物，进行PCR反应，具有广谱检测优势，阳性率远远高于特异性引物PCR法，便于临床诊断中大量标本筛检，大范围内的流行病学调查。多重PCR则是用几对引物在同一个PCR反应体系申进行扩增。这样可以同时扩增出几个不同专一靶区域的片段。套式PCR要设计“外引物”及“内引物”两对引物进行连续两次PCR，可以提高PCR检测的灵敏度和特异性。对于极微量的靶序列，一次扩增难以取得满意的效果，应用套式PCR技术可获得良好的结果。AP-PCR方法，可快速地从两个或更多的个体组织细胞中分离出差异基因或基因差异表达产物。原位PCR技术能在细胞涂片和组织切片上对待检的低拷贝或单拷贝数基因进行扩增。