杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，或采用无菌的蜡膜代替硅化的盖玻片，在盖玻片周围加液状石蜡封固或加橡皮泥封固。硅化的盖玻片的优点是清洁无杂质、光滑，不会产生气泡和影响组织切片与杂交液的接触，盖玻片自身有一定重量能使有限的杂交液均匀覆盖。可将覆盖有硅化盖玻片即将进行杂交的载玻片放在盛有少量5×SSC或2×SSC溶液的湿盒中进行孵育。显色液在显示过程使用。