引起农民肺的病原体主要为嗜热性放线菌属中的干草小多孢菌(Micropolyspora faeni)、普通高温放线菌(Thermoactinomyces vulgaris)和热吸水链霉菌(Streptomyces thermoh ygroscopicusj)，还有人认为烟曲霉菌(Aspergillus fumigatus)也有致病作用。枯草含水量超过29％～34％时，在堆放过程中微生物生长，尤其霉菌大量增殖呈现霉变。