分解代谢是指细胞将大分子物质降解成小分子物质的过程。蛋白质为大分子物质，微生物可将其分解为氨基酸。脂肪也是大分子物质，其第一阶段的分解产物是脂肪酸。第二阶段是将第一阶段产物进一步降解成更为简单的丙酮酸、乙酰辅酶A以及能进入三羧酸循环的某些中间产物。第三阶段是通过三羧酸循环将第二阶段产物完全降解生成CO。