D选项：质量管理体系认证应按申请、检查和评定、审批与注册发证等程序进行。这是质量管理体系认证的标准流程，企业先提出认证申请，认证机构进行检查和评定，然后根据评定结果进行审批与注册发证。
A选项：企业质量管理体系获准认证的有效期为三年，不是四年。
B选项：质量管理体系认证是由公正的第三方认证机构进行认证，不是相关政府主管部门认证。
C选项：企业获准认证后每年接受一次认证机构的监督管理，不是每两年。