D选项：工程质量保修制度对于保护用户及消费者的合法权益起到重要的保障作用。在工程交付使用后，规定的保修期限内，施工单位要对出现质量问题的工程进行维修，保障用户的权益。
A选项：项目的可行性研究直接影响项目的决策质量和设计质量，而不是投资决策阶段是影响工程质量的决定性阶段。工程设计阶段才是对工程质量起决定性作用的阶段，因为设计文件确定了工程的基本质量要求和标准。
B选项：勘察设计阶段主要是根据建设单位的要求和工程的特点，进行工程勘察、设计，提供工程设计图纸等技术文件，确定工程的质量目标、结构形式、材料设备选型等，不是确定最佳的投资方案和建设周期，投资方案主要在投资决策阶段确定。
C选项：工程竣工验收阶段是对工程质量的最终检验，但不是直接影响工程的最终质量，工程质量是在前面的各个阶段逐步形成的，竣工验收只是对质量的确认环节。