选项A：施工单位不能仅参考专家意见自行修改完善。因为专项施工方案经过专家论证，专家意见很关键，施工单位需要严格按照专家指出的修改内容进行修改，所以A错误。
选项B：专家意见要明确具体修改内容，施工单位应按照专家意见进行修改，修改情况应及时告知专家。这样可以保证方案的修改符合要求，且专家能够对修改后的方案进行监督或者再次确认，B正确。
选项C：修改后不需要重新组织专家论证，只有当结论为“不通过”时，才需要重新组织专家论证，C错误。
选项D：施工单位不能按照自己的方案自行修改完善，必须按照专家意见修改，D错误。