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选项A：根据《保障中小企业款项支付条例》，机关、事业单位从中小企业采购货物、工程、服务，应当自货物、工程、服务交付之日起30日内支付款项；合同另有约定的，付款期限最长不得超过60日。所以选项A正确。
选项B：不是自承包人提交结算文件之日起30日内支付款项，这种说法不符合条例规定，所以选项B错误。
选项C：机关、事业单位采购有明确的付款期限规定，不是按照行业规范和交易习惯随意约定，此选项不符合条例对于机关、事业单位采购付款期限的强制要求，所以选项C错误。
选项D：付款期限主要是自货物、工程、服务交付之日起算，而不是自双方确认结算金额之日起算，所以选项D错误。