病毒性脑膜炎大多数为肠道病毒感染，肠道病毒一般分为3种，即脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒及埃可病毒。这几种肠道病毒均有许多亚型，如柯萨奇病毒有A型及B型，但两型均可引起病毒性脑膜炎。其次为腮腺炎病毒及淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒，少数为疱疹性病毒包括单纯疱疹病毒及水痘带状疱疹病毒（A对）。